A ANF apresenta Órgãos Sociais que são escolhidos pelos associados em eleições para mandatos de três anos. São eles a Direção Nacional, a Mesa da Assembleia Geral, o Conselho Fiscal e o Conselho Disciplinar.
Veja a constituição dos atuais Órgãos Sociais da ANF:
Mesa de Assembleia Geral

Carolina Mosca
Presidente

Berto Cabral
Vice-presidente

Anabela Costa e Silva
Secretária

Hugo Cartaxo
Secretário
Conselho Disciplinar

Helena Amado
Presidente

Lara Nicolau
Secretária

André Coelho
Vogal

Maria José Vieira
Vogal

Madalena Neves
Vogal

Nuno Cardoso da Silva
Vogal suplente
Conselho Fiscal

Diogo Gouveia
Presidente

Jorge Esgalhado
Vogal

Pedro Marques
Vogal

Patrícia Guimarães
Vogal suplente
Direção Nacional

Ema Paulino
Presidente

Fausto Almeida
Vice-presidente

Paula Dinis
Vice-presidente

Paulo Fernandes
Vice-presidente

Ana Tenreiro
Vogal

Diana Amaral
Vogal

Paulo Gouveia
Vogal

Rahim Sacoor Ali
Vogal

Teresa Almeida
Vogal

Francisco Barros
Vogal suplente

Miguel Samora
Vogal suplente
A ANF conta com uma estrutura associativa descentralizada, encontrando-se organizada em agrupamentos de aproximadamente 50 farmácias, que são representadas localmente por delegados de círculo, de zonas ou de regiões, eleitos pelos sócios da Associação.

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